Сотрудники

Попов Владимир Олегович

Заведующий кафедрой синтетической биологии

Академик РАН, доктор химических наук, профессор. Научный руководитель ФИЦ Биотехнологии РАН, заведующий лабораторией инженерной энзимологии.

+7 (495) 952-34-41
vpopov@fbras.ru

https://istina.msu.ru/profile/VladimirPopov/

Образование и ученые степени

1970-1975	МГУ им.М.В.Ломоносова, Химический факультет
1978 канд.дисс.	МГУ им.М.В.Ломоносова, Химический факультет
1988 докт.дисс	Институт биохимии им.А.Н.Баха РАН
1997 профессор	Институт биохимии им.А.Н.Баха РАН
2011	член-корреспондент РАН
2019	академик РАН

Место работы

2021- н/в 2020- н/в	Заведующий кафедрой синтетической биологии биологического факультета МГУ Научный руководитель ФИЦ Биотехнологии РАН
2019-2020	Главный научный советник дирекции ФИЦ Биотехнологии РАН
2015-2019	Директор ФИЦ «Фундаментальные основы биотехнологии» РАН
2001-2015	Директор Института биохимии им.А.Н.Баха РАН
1999-2001	Зам.директора по науке Института биохимии им.А.Н.Баха РАН
1991-н/в	Заведующий лабораторией инженерной энзимологии Института биохимии им.А.Н.Баха РАН
1987-1991	Ведущий научный сотрудник, руководитель группы структурно-функциональных исследований макромолекул Института биохимии им.А.Н.Баха РАН
1981-1987	Старший научный сотрудник Института биохимии им.А.Н.Баха РАН
1977-1981	Младший научный сотрудник кафедры химической энзимологии химического факультета МГУ им.М.В.Ломоносова
1975-1977	Стажер-исследователь кафедры химической энзимологии химического факультета МГУ им.М.В.Ломоносова

Награды и отличия

2018	Премия имени Е.С. Федорова (премия РАН) за цикл работ «Структурная биология макромолекул, значимых для биотехнологии и медицины»
2010	Премия правительства России за достижения в области науки и техники «Создание и внедрение в отечественную практику биотехнологических методов анализа для решения социально значимых задач неонатального скрининга, контроля наркопотребления и безопасности продуктов питания»
1997	Премия правительства России за достижения в области науки и техники “Создание технологии биологической очистки воздуха от техногенных выбросов летучих органических соединений”

Членство

1991	Председатель Ученого Совета Института биохимии им.А.Н.Баха РАН
1996	Председатель Научного совета по биохимии РАН
2001	Член редколлегии журнала «Биохимия»
2002	Главный редактор журнала «Прикладная биохимия и микробиология»
2002	Заместитель Ответственного редактора ежегодника «Успехи биологической химии»
2002	Председатель научного совета по биохимии РАН
2003	Руководитель Национального контактного центра по направлению «Биотехнология, сельское хозяйство и пища» Европейской рамочной программы FP7
2005	Представитель Российской Федерации в Рабочей группе по биотехнологии ОЭСР
2010	Руководитель отдела «Белковая Фабрика» НБИКС-Центра Национального исследовательского центра «Курчатовский институт»
2011	Координатор российской технологической платформы «Биоиндустрия и биоресурсы»
2012	Председатель Экспертной комиссии по присуждению Премии им. А.Н. Баха РАН
2013	Член редколлегии журнала «Российские нанотехнологии»

Основные научные интересы

Структурная биология. Нанобиотехнологии. Энзимология, механизм действия, структура и функция ферментов. Белковая инженерия. Инженерная энзимология. Биотрансформации. Биотехнология и охрана окружающей среды.

Основные научные результаты В.О. Попова

• расшифровано более 100 структур белков и белковых комплексов высокого разрешения, выяснены структура и механизм действия ряда практически важных биокатализаторов, что имеет важное значение для биотехнологии и медицинских приложений;
• открыт каталитический медный кластер, способный катализировать новые химические реакции и образующий активный центр ранее не известного фермента (тиоцианатдегидрогеназы);
• созданы методики, используемые в отечественной системе нанобезопасности;
• разработаны имплантируемые биоэлектроды и биотопливные элементы на основе нанокомпозитных материалов.

Основные работы В.О. Попова связаны с изучением структуры и механизма действия ферментов и применением биокатализаторов для решения практических задач. Им получено более 90 структур белков и белковых комплексов высокого разрешения; выяснена структура и механизм действия практически важных NAD-зависимых дегидрогеназ и металлоферментов; получен рекомбинантный ростовой фактор, контролирующий пролиферацию мышечных тканей, на основе которого создается лекарственный препарат, вошедший в стадию клинических испытаний; разработаны методики, используемые в отечественной системе нанобиобезопасности.

Большое практическое значение имеют работы В.О. Попова в области биотехнологии и инновационной деятельности. Под его руководством реализовано несколько крупных инновационных проектов в том числе создана промышленная технология биологической очистки воздуха от техногенных выбросов летучих органических соединений; разработана комплексная технология переработки малоценного сырья животного происхождения в корма и функциональные продукты питания.

Под руководством и при личном участии Попова В.О. внедрены в производство эффективные аналитические и природоохранные технологии.

Поповым В.О. подготовлено 15 кандидатов наук.

Попов В.О. — главный редактор журнала «Прикладная биохимия и микробиология», член редколлегий журналов «Российские нанотехнологии», «Биохимия» и «Acta Naturаe», заместитель председателя Научного совета РАН по биотехнологии, координатор технологической платформы «Биоиндустрия и биоресурсы». Он возглавляет отдел перспективных исследований НБИКС-Центра НИЦ Курчатовский институт, руководит Национальным контактным центром ЕС по направлению «Биотехнология», представляет РФ в Рабочей группе по «Био-, нано- и конвергентным технологиям» ОЭСР.

Публикации

В.О. Попов автор и соавтор более 300 научных работ, из них 1 монографии и 34 авторских свидетельств и патентов.

 

Избранные публикации последних 5 лет

1. Scheiblbrandner S, Breslmayr E, Csarman F, Paukner R, Führer J, Herzog PL, Shleev SV, Osipov EM, Tikhonova TV, Popov VO, Haltrich D, Ludwig R, Kittl R. Evolving stability and H-dependent activity of the high redox potential Botrytis aclada laccase for enzymatic fuel cells. Sci. Rep. (2017), 7(1):13688. Q1, IF 5.134.
2. Alina Osmakova, Michael Kirpichnikov, Vladimir Popov. Recent biotechnology developments and trends in the Russian Federation. New Biotechnology, v 40, 76-81 (2018), DOI:10.1016/j.nbt.2017.06.001. Q1, IF 5.079.
3. Kryukova M.V., Petrovskaya L.E., Kryukova E.A., Lomakina G.Yu., Yakimov S.A., Maksimov E.G., Boyko K.M., Popov V.O., Dolgikh D.A., Kirpichnikov M.P. Thermal Inactivation of a Cold-Active Esterase PMGL3 Isolated from the Permafrost Metagenomic Library. Biomolecules (2019) v. 9, N. 12, 880. DOI: 10.3390/biom9120880. Q2, IF 5.362.
4. Artem Bonchuk, Sofia Kamalyan, Sofia Mariasina, Konstantin Boyko, Vladimir Popov, Oksana Maksimenko, Pavel Georgiev N-terminal domain of the architectural protein CTCF has similar structural organization and ability to self-association in bilaterian organisms» Scientific Reports (2020) N10: 2677, DOI: 10.1038/s41598-020-59459-5. Q1, IF 5.134.
5. Аndoralov V, Shleev S, Dergousova N, Kulikova O, Popov V, Tikhonova T. Octaheme nitrite reductase: The mechanism of intramolecular electron transfer and kinetics of nitrite bioelectroreduction. Bioelectrochemistry (2021) 138:107699. DOI: 10.1016/j.bioelechem.2020.107699. Q1, IF 5.373.
6. Subach OM, Vlaskina AV, Agapova YK, Dorovatovskii PV, Nikolaeva AY, Ivashkina OI, Popov VO, Piatkevich KD, Khrenova MG, Smirnova TA, Boyko KM, Subach FV. LSSmScarlet, dCyRFP2s, dCyOFP2s and CRISPRed2s, Genetically Encoded Red Fluorescent Proteins with a Large Stokes Shift. International Journal of Molecular Sciences. 2021; 22(23):12887. https://doi.org/10.3390/ijms222312887. Q1, IF 5.924.
7. Gavrilov S.N., Zavarzina D.G., Elizarov I.M., Tikhonova T.V., Dergousova N.I., Popov V.O., Lloyd J.R., Knight D., EL-Naggar M.Y., Pirbadian S., Leung K.M., Robb F.T., Zakhartsev M.V., Bretschger O., Bonch-Osmolovskaya E.A. Novel Extracellular Election Transfer Channels in a Gram-Positive Thermophilic Bacterium. Front Microbiol. (2021), v.11, article number 597818, DOI: 10.3389/fmicb.2020.597818. Q1, IF 5.640.

Страховская Марина Глебовна

Доцент кафедры синтетической биологии, заместитель заведующего

Доктор биологических наук.

​+7 (495) 938-00-06
+7 (915) 106-16-19
maristra@yandex.ru

​http://istina.msu.ru/profile/strakhovskaya/

Образование

2011 — доктор биологических наук (диплом ДДН № 016805 от 06.05.2011), диссертация «Фотодинамическая инактивация микроорганизмов: фундаментальные и прикладные аспекты» по специальностям 03.01.02 – биофизика и 03.02.03 – микробиология

1983 — кандидат биологических наук (диплом БЛ № 010438 от 06.04.1983), диссертация «Исследование механизмов комбинированного действия различных длин волн УФ спектра на микроорганизмы» по специальности 03.00.02 — биофизика

1979 — закончила с отличием биологический факультет МГУ по специальности биофизика (диплом Г-I № 363820 от 30.06.1979)

1974 — английская спецшкола №4 г. Москвы

Профессиональная деятельность

2021 – н.вр. — доцент кафедры синтетической биологии биологического факультета МГУ

2013 – н.вр. — старший научный сотрудник лаборатории молекулярного моделирования и биоинформатики Федерального научно-клинического центра специализированных видов медицинской помощи и медицинских технологий ФМБА России (ФНКЦ ФМБА России)

2010 – 2022 — ученый секретарь диссертационных советов Д 501.001.96 и МГУ.03.02

2004 – 2016 — руководитель 18 НИР по научно-технической программе Правительства Москвы «Разработка и практическое освоение в здравоохранении новых методов и средств профилактики, диагностики и лечения онкологических, инфекционных и других опасных заболеваний»

1983 – н.вр. — младший научный сотрудник, старший научный сотрудник, ведущий научный сотрудник кафедры биофизики биологического факультета МГУ

Область научных интересов:

Фотобиология микроорганизмов / Фотомедицина / Моделирование клеточных стенок и мембран бактерий и грибов, структурных белков вирусов / Антимикробные соединения / Наноразмерные носители

Под руководством Страховской М.Г. защищены 6 дипломных работ и 4 кандидатские диссертации (по биологическим наукам).

Публикации

Страховская М.Г. является автором/соавтором 93 научных статей в международных и отечественных научных журналах, 14 патентов РФ

 

Избранные публикации в журналах за последние 5 лет

1. A. Gvozdev, E.G. Maksimov, M.G. Strakhovskaya, A.M. Moysenovich, A.A. Ramonova, M.M. Moisenovich, S.N. Goryachev, V.Z. Paschenko, A.B. Rubin (2018) A CdSe/ZnS quantum dot-based platform for the delivery of aluminum phthalocyanines to bacterial cells. Journal of Photochemistry and Photobiology B: Biology, 187: 170-179, https://doi.org/10.1016/j.jphotobiol.2018.08.003. Q1; IF 6.252.
2. Orekhov P.S., Kholina E.G., Bozdaganyan M.E., Nesterenko A.M., Kovalenko I.B., Strakhovskaya M.G. (2018) Molecular Mechanism of Uptake of Cationic Photoantimicrobial Phthalocyanine across Bacterial Membranes Revealed by Molecular Dynamics Simulations. The Journal of Physical Chemistry B. 122(14): 3711-3722. DOI: 10.1021/acs.jpcb.7b11707. Q2; IF 2.991.
3. Korneev D, Kurskaya O, Sharshov K, Eastwood J, Strakhovskaya M. (2019) Ultrastructural Aspects of Photodynamic Inactivation of Highly Pathogenic Avian H5N8 Influenza Virus. Viruses. 11(10):955. https://doi.org/10.3390/v11100955. Q2; IF 5.127.
4. Ekaterina G. Kholina, Alexey M. Nesterenko, Tatiana V. Galochkina, Danil A. Gvozdev, Irina V. Polyakova, Ilya B. Kovalenko, Marina G. Strakhovskaya, Oleg A. Pisarev. (2019) Explicit measurement of the endotoxin adsorption efficiency detects non-Langmuir behavior at low concentrations. Analytical Biochemistry.587: 113445, https://doi.org/10.1016/j.ab.2019.113445. Q2; IF 3.365.
5. Kholina E.G., Kovalenko I.B., Bozdaganyan M.E., Strakhovskaya M.G., Orekhov P.S. (2020) Cationic antiseptics facilitate pore formation in model bacterial membranes. The Journal of Physical Chemistry B. 124(39): 8593–8600. https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.0c07212. Q2; IF 2.991.
6. MG Strakhovskaya, GA Meerovich, AN Kuskov, SA Gonchukov and VB Loschenov (2020) Photoinactivation of coronaviruses: going along the optical spectrum. Laser Physics Letters, 17(9): https://doi.org/10.1088/1612-202X/abab14. Q2; IF 2.016.
7. Fedorov V, Kholina E, Khruschev S, Kovalenko I, Rubin A, Strakhovskaya M. (2021) What Binds Cationic Photosensitizers Better: Brownian Dynamics Reveals Key Interaction Sites on Spike Proteins of SARS-CoV, MERS-CoV, and SARS-CoV-2. Viruses. 13(8):1615. https://doi.org/10.3390/v13081615. Q2; IF 5.127.
8. Sharshov K, Solomatina M, Kurskaya O, Kovalenko I, Kholina E, Fedorov V, Meerovich G, Rubin A, Strakhovskaya M. (2021) The Photosensitizer Octakis(cholinyl)zinc Phthalocyanine with Ability to Bind to a Model Spike Protein Leads to a Loss of SARS-CoV-2 Infectivity In Vitro When Exposed to Far-Red LED. Viruses. 13(4):643. https://doi.org/10.3390/v13040643. Q2; IF 5.127.
9. Strakhovskaya Marina G., Lukashev Eugene P., Korvatovskiy Boris N., Kholina Ekaterina G., Seifullina Nuranija Kh, Knox Peter P., Paschenko Vladimir Z. (2021) The effect of some antiseptic drugs on the energy transfer in chromatophore photosynthetic membranes of purple non-sulfur bacteria Rhodobacter sphaeroides. Photosynth Res147: 197–209. https://doi.org/10.1007/s11120-020-00807-x. Q1; IF 3,674.
10. Gvozdev D.A.,Gudkova V.R., Moisenovich A.M., Ramonova A.A., Strakhovskaya M.G., Maksimov E.G. (2022) Detonation nanodiamonds as enhancers of E. coli photodynamic inactivation by phthalocyanines in a high molarity buffer solution. Journal of Photochemistry and Photobiology B: Biology, 227: 112387. https://doi.org/10.1016/j.jphotobiol.2022.112387. Q1; IF 6.252.

Кочиева Елена Зауровна

Профессор кафедры синтетической биологии

Доктор биологических наук, профессор, заведующая лабораторией системной биологии растений ФИЦ Биотехнологии РАН.

​https://istina.msu.ru/profile/Kochieva_EZ/

Преподавательская деятельность

• 1990-2005 гг — доцент, профессор каф. сельскохозяйственной биотехнологии РГАУ-ТСХА им. Тимирязева
• 2010-2021гг — профессор каф. биотехнологии биологического факультета МГУ
• 2021-по настоящее время — профессор каф. синтетической биологии биологического факультета МГУ

Научная деятельность

• 1984-1988гг — аспирантура ИОГен им. Н.И.Вавилова. Защита диссертации «Множественные транспозиции мобильных элементов и их роль в инсерционном мутагенезе у дрозофилы», к.б.н. (генетика)
• 1988-2003гг — н.с; с.н.с. каф. сельскохозяйственной биотехнологии ТСХА им. Тимирязева
• 1991-1993гг — докторантура в Институте Карнеги (Carnegie Institution for Science) Балтимор, США
• 2000, 2001, 2002 — стажировка в Plant Research International (WUR-PRI)  Университета Вагенингена (Нидерланды) (гранты Министерства сельского хозяйства Нидерландов)
• 2004 — защита диссертации «Геномный полиморфизм представителей сем. Solanaceae (род Solanum, род Lycopersicon, род Capsicum)», д.б.н. (генетика, молекулярная биология)
• 2004 -2014 — с.н.с., в.н.с. лаборатории генетической инженерии растений Центра биотехнологии РАН
• 2006 г — стажировка в INRA (Эври, Франция) (грант Министерства иностранных дел Франции)
• 2014-по наст. время — в.н.с.,г.н.с. лаборатории системной биологии растений ФИЦ Биотехнологии РАН

Основное направление исследований Кочиевой Е.З. лежит в области геномики, молекулярной биологии и биотехнологии растений.

• Исследование молекулярно-генетических механизмов контроля развития растений
• Изучение молекулярно-генетических механизмов синтеза углеводов (сахара, крахмал) и вторичных метаболитов (каротиноиды, антоцианы) в плодах растений
• Изучение путей регуляции ответа растений на биотические и абиотические стрессы
• Оценка генетического разнообразия геномов для решения вопросов таксономии и филогении видов высших растений
• Исследование процессов видообразования и реконструкция эволюции последовательностей ядерного, хлоропластного и митохондриального геномов
• Генотипирование биоресурсных коллекций
• Разработка молекулярных маркеров, сцепленных с агрономически ценными признаками для маркер-ассоциированной селекции с целью генотипирования и создания новых улучшенных сортов культурных растений

Под руководством Кочиевой Е.З. защищено 13 диссертаций (к.б.н.).

Кочиева Е.З. является автором/соавтором 96 научных статей в международных и отечественных научных журналах.

 

 

Избранные публикации за последние 5 лет

1. Efremov G. I., Shchennikova A. V., Kochieva E. Z. Characterization of 15-cis-ζ-carotene isomerase Z-ISO in cultivated and wild tomato species differing in ripe fruit pigmentation. 2021. 9:1169. doi: 10.3390/plants10112365 – Q1 IF 3.9
2. Slugina MA, Efremov GI, Shchennikova AV, Kochieva EZ. Characterization of RIN Isoforms and Their Expression in Tomato Fruit Ripening. 2021. 10(7):1739. doi: 10.3390/cells10071739. – Q1 IF 6.6
3. Shchennikova AV, Beletsky AV, Filyushin MA, Slugina MA, Gruzdev EV, Mardanov AV, Kochieva EZ, Ravin NV. Nepenthes × ventrata Transcriptome Profiling Reveals a Similarity Between the Evolutionary Origins of Carnivorous Traps and Floral Organs. Front Plant Sci. 2021. 12:643137. doi: 10.3389/fpls.2021.643137 – Q1 IF 4.4
4. Badaeva E.D., Chikida N.N., Fisenko A.N., Surzhikov S.A., Belousova M.K., Özkan H., Dragovich A.Y., Kochieva E.Z. Chromosome and Molecular Analyses Reveal Significant Karyotype Diversity and Provide New Evidence on the Origin of Aegilops columnaris. 2021. 10(5):956. doi: 10.3390/plants10050956 – Q1 IF 3.9
5. Anisimova OK, Shchennikova AV, Kochieva EZ, Filyushin MA. Pathogenesis-Related Genes of PR1, PR2, PR4, and PR5 Families Are Involved in the Response to Fusarium Infection in Garlic (Allium sativum L.). Int J Mol Sci. 2021. 22(13):6688. doi: 10.3390/ijms22136688. – Q1 IF 5.9
6. Filyushin MA, Anisimova OK, Kochieva EZ, Shchennikova AV. Genome‐Wide Identification and Expression of Chitinase Class I Genes in Garlic (Allium sativum L.) Cultivars Resistant and Susceptible to Fusarium proliferatum. Plants. 2021. 10(4):720. doi: 10.3390/plants10040720. – Q1 IF 3.9
7. Efremov GI, MA Slugina, AV Shchennikova, EZ. Kochieva. Differential Regulation of Phytoene Synthase PSY1 During Fruit Carotenogenesis in Cultivated and Wild Tomato Species (Solanum section Lycopersicon). 2020, 9:1169. doi: 10.3390/plants9091169. – Q1 IF 3.9
8. Slugina M.A., A.V. Shchennikova, A.A. Meleshin, E.Z. Kochieva. Homologs of vacuolar invertase inhibitor INH2 in tuberbearing wild potato species and Solanum tuberosum: gene polymorphism and co-expression with saccharolytic enzyme genes in response to cold stress. Scientia Horticulturae. 2020. 269:109425. Doi: 10.1016/j.scienta.2020.109425 – Q1  IF 2.3
9. Slugina MA., AV. Shchennikova, EZ. Kochieva. The expression pattern of the Pho1a genes encoding plastidic starch phosphorylase correlates with the degradation of starch during fruit ripening in green-fruited and red-fruited tomato species. Functional Plant Biology. 2019. 46(12):1146-1157. doi: 10.1071/FP18317. – Q1, IF = 3.1
10. Slugina MA., AV. Shchennikova, EZ. Kochieva. Differences in the sucrose synthase gene SUS1 expression pattern between Solanum lycopersicum and wild tomato species. Theoretical and Experimental Plant Physiology. 2019. 31:455–462– Q2, IF = 1.7

Машко Сергей Владимирович

Профессор кафедры синтетической биологии

Доктор биологических наук, профессор, профессор кафедры синтетической биологии, советник по науке АО «Научно-исследовательский институт Аджиномото-Генетика».

​https://istina.msu.ru/profile/Sergey_Mashko/

Образование

1987 — доктор биологических наук (диплом БЛ № 002210 от 18.03.1988), диссертация по специальности 03.0.03 — молекулярная биология «Оптимизация экспрессии гетерологичных генов в клетках Escherichia coli» (Оппоненты: акад. А.А. Богданов, чл-корр К.Г. Скрябин, проф. Р.С. Шакулов)

1979 — кандидат биологических наук (диплом БЛ № 006224 от 09.04.1980), диссертация по специальности 03.0.03 — молекулярная биология «Оптимизация условий воссоединения фрагментов ДНК с помощью ДНК-лигазы» (Оппоненты: проф. А.И. Степанов, проф. М.Д. Франк-Каменецкий)

1977 — инженер – физик, закончил Московский инженерно-физический институт (МИФИ) (диплом Я № 288645 от 22.02.1977), дипломная работа на тему «Исследование распределения последовательностей ДНК, узнаваемых специфическими эндонуклеазами» (руковод. к.б.н. Ю.И. Козлов)

Научные звания

1989 — профессор по специальности – Молекулярная биология (аттестат ПР № 017440 от 18.08.1989)

1985 — старший научный сотрудник (доцент) по специальности – Молекулярная биология (аттестат СН № 043294 от 04.12.1985)

Научные награды

1999, 2006 — дважды Лауреат премии Правительства РФ в области науки и техники (дипломы Лауреата – № 2754 от 29.02.2000  — За разработку и освоение производства ветеринарных противовирусных иммуностимулирующих препаратов на основе рекомбинантных белков; – № 7302 от 22.02.2007) – За конструирование бактериальных продуцентов, организацию биотехнологического производства субстанций и препаратов на основе рекомбинантных цитокинов человека и внедрение разработанного медицинского препарата «Беталейкин».

Опыт профессиональной деятельности

2019 –н.вр. — Советник по науке АО «Научно-исследовательский институт Аджиномото-Генетика» (АО «АГРИ»), Москва, Россия;

2007-2019 — Директор по научной работе АО «АГРИ»;

1999-2007 — Старший научный сотрудник, затем заведующий лабораторией, заместитель Директора по научной работе (З)АО «АГРИ»

1986-1999 — Заведующий лабораторией оптимизации экспрессии генов ГНЦ РФ ГосНИИ генетика (ранее «ВНИИГенетика»), Москва, Россия

1977-1985 — младший, а затем старший научный сотрудник ВНИИГенетика, Москва, Россия

Область научных интересов

Молекулярная и клеточная биология / Генная, Метаболическая инженерии и Биотехнология / Оптимизация экспрессии генов и конструирование промышленных микроорганизмов-продуцентов биологически активных веществ.

Основные научные результаты

1977 — Впервые поставлен вопрос о случайности характера расположения сайтов рестрикции на гомо- и гетерологичной бактериальной хромосоме (Мол биол (1977) 11(5): 1124-1136);

1976 -1978 — Предложена и успешно решена (в соавторстве с профессиональными математиками – А.С. Братусь, А.А. Миронов) задача оптимального конструирования с помощью ДНК-лигазы рекомбинантных молекул ДНК из фрагментов определенной структуры и представления линейной ДНК в виде цепи Порода-Кратки (ДАН СССР (1979) 244(4): 1025-1029; Мол Биол (1980) 14(5): 1023-1038; (1981) 15(6):1397-1404);

1978 — Разработан и реализован на мини-компьютере алгоритм определения параметров белок-нуклеинового взаимодействия на основе экспериментально определенных изотерм адсорбции (Stud Biophys (1978) 67:93-94);

1977 -1981     Участие в работах группы ВНИИГенетика (под руков. акад. В.Г. Дебабова и проф. Ю.И. Козлова) по созданию, исследованию структуры и функции рекомбинантных плазмид с генами треонинового оперона E. coli (Генетика (1980) 16: 66-77; (1982) 18: 1613-1619; (1982) 18: 1620-1630; Мол биол (1981) 15: 1245-1257);

1982 – 1990 — Руководство группой сотрудников ВНИИгенетика, а затем АГРИ, исследовавших отдельные этапы экспрессии клонированных генов; осуществлявших конструирование специализированных векторов, в том числе, для клонирования промоторов, с регулируемой копийностью или утративших способность к мобилизационному переносу (Мол биол (1985) 19: 1194-1205; (1987) 21: 73-86; (1988) 22: 1033-1044); Gene (1991) 97: 259-266; BMC Biotechnol (2007) 7:80);

1984 – 1990 — Независимо и параллельно с Zchoner (США) впервые в мире предложен новый метод обеспечения гетерологичной экспрессии путем организации искусственных “overlappons” и обеспечения трансляционного сопряжения (ДАН СССР (1984) 278(6):1491-1496); Мол биол (1987) 21: 1297-1309; (1987) 21: 1310-1321); Разработана и предложена концепция нового экспрессионного вектора –TGATG-типа (Gene (1990) 88:121-126); ДАН СССР (1990) 312: 233-236);

1986 — Независимо и параллельно c Bujard (Германия) впервые в мире разработан и применен прецизионный метод определения «силы» клонированных промоторов с помощью сравнительной гибридизации опытной и референсной импульсно меченой мРНК, кодируемых одной и той же рекомбинантной плазмидой (ДАН СССР (1986) 291(6): 1510-1513); Мол ген, микроб вирусол (1986)  № 4: 9-16);

1980 – 2000 — С помощью разработанных подходов и оригинальных высокоэффективных экспрессионных векторов осуществлено клонирование генов, конструирование большого числа продуцентов рекомбинантных белков промышленного, медицинского и ветеринарного назначения (в частности, интерферонов и интерлейкинов, факторов роста человека и животных), большая часть из созданных продуцентов по выходу целевого продукта  соответствовали и даже превосходили лучшие мировые аналоги (Мол ген, микроб, вирус (1983) №7: 19-23; ДАН СССР (1985) 282: 210-215; Biomed Sci (1990) 1: 597-604; Gene (1991) 97: 259-266; Док РАН (1992) 324: 706-710; (1993) 328: 513-516; Биотехнол (1993) № 4: 18-25; (1993) № 10: 10-15; (1996) №10: 3-11; (1997) № 1: 3-12; (2006) № 3: 17-32; (2006) № 5: 23-31); За активное участие в создании штаммов-продуцентов, а также за взаимодействие с коллективами индустрилизовавшими часть разработок и организовавшими промышленное производство ветеринарных, а также медицинских препаратов на основе рекомбинантных белков С.В. Машко в составе различных авторских коллективов дважды был удостоен Премии Правительства РФ в области науки и техники;

2002 — Использование метода SELEX для получения специфических атамеров к рекомбинантным цитокинам (Биотехнол (2002) № 4: 49-60);

1994 – 2002 — Исследование специфических особенностей и направленная модификация элементов системы экспрессии на основе РНК полимеразы фага Т7 (Gene (1994) 142: 61-66; Генетика (1994) 30: 1175-1183; Биотехнол (1994) N6: 7-10; (1995) № 1-2: 11-18; (2005) № 2: 18-25);

2001 — Начало работ по конструированию продуцентов рекомбинатных белков паутины (Биотехнол (2001) № 2: 11-22);

1998 – 2020 — Под руководством проф. С.В. Машко сотрудниками АО «АГРИ» проводился широкий цикл исследований в области метаболической инженерии для создания промышленных продуцентов аминокислот и нуклеозидов, при этом сам С.В. Машко принимал непосредственное участие:

1. в подготовке и написании специализированных обзоров в журналах, монографиях, сборниках и пособиях для студентов — по методам генной (Усп биол хим (1982) 22: 7-25) и метаболической инженерии («Институт АйТи» (2011) (тираж – 500, 8 п.л.,128 стр.); Биотехнол (2014) № 4: 8-27; (2016) №2: 11-42; Appl Biochem & Microb (2015)51(7): 733-750; (2016) 52(9): 783-809);
   отдельным наиболее современным их аспектам, в частности, ¹³С-MFA (Анализ метаболических потоков с применением «тяжелого» — ¹³С изотопа углерода) (Биотехнол (2016) 32(5): 10-37; (2016) 32(6): 9-34; (2016) 33(2): 9-28);
   использованию системы бактериофага Mu для конструирования рекомбинантных бактерий (Appl Microb Biotech (2011) 91(4): 857-871);
   методам оптимизации экспрессии генов в Е. coli (в сб.: «Функционирование генома в онтогенезе», Вильнюс (1984) 130-154; в сб.: «Осн направ генет микроорг». Москва: (1985) 117-128; в сб. «Генет пром микроорг»/ Ред. В.Г.Дебабов. – Москва: Наука, 1990, 220-239; Биотехнол (1998) №6: 3-23; (2002) № 4: 3-14);
   созданию препаратов рекомбинантных лимфокинов человека (Биотехнол (1992) № 5: 10-17);
2. в конструировании на основе MG1655 нового штамма E. coli дикого типа с улучшенными характеристиками скорости роста (Генетика (2010) 46: 349-355);
3. в получении новых PTS^— мутантов E. coli, сохранивших способность к эффективному росту на глюкозе (Биотехнология (2007) №5: 24-37);
4. в экспериментальном установлении функции нескольких практически значимых, но ранее неизвестных генов E. coli (ybhE = pgl – из окислительной ветки пентозо-фосфатного пути центрального метаболизма (FEMS Microb Lett (2005) 244: 275-280);
   yddG – потенциальный экспортер ароматических соединений (FEMS Microb Lett (2007) 275: 312–318; Генетика (2009) 45: 601-609; J Mol Microb Biotech (2010)19: 189-197);
   ydbK-ген, кодирующий предполагаемую пируват синтазу (J Microbial Biochem Technol (2010) 2: 77-83), которые затем использованы при создании ряда продуцентов;
5. в секвенировании и реконструировании геномов новых практически значимых бактерий (Appl Microb Biotechnol (2012) 93: 331-341) и бактериофагов (Arch Virol (2017) 162:2489–2492; (2018) 163:2565–2568);
   а также частичной экспериментальной верификации отдельных предполагаемых метаболических путей в геномах вновь секвенированных организмов (FEMS Microb Lett (2011) 318(1): 55-60);
6. разработана большая группа оригинальных стратегий конструирования безплазмидных и безмаркерных рекомбинантных штаммов различных бактерий – продуцентов биологически активных веществ и, в частности, – адаптация методов Recombineering для Pantoe ananatis (совместно с Ж.И. Каташкиной) (BMC Mol Biology (2009) 10: 34) и Corynebacterium glutamicum (совмнстно с А.А. Крыловым) (J Microb Meth (2014) 105: 109-115; Appl Microb Biotechn (2022) (in press),
   — объединение различных методов, основанных на общей и сайт-специфической рекомбинации для  интегрирования протяженных фрагментов ДНК в заранее запланированную точку бактериальной хромосомы с последующим возможным объединением индивидуальных мутаций в едином геноме – стратегия Dual In/Out (BMC Biotechnology (2008) 8: 63) и ее последующие мофификации (J Microb Meth 89(3) (2012) 167-173), а также адаптация этой стратегии для редактивания геномов различных бактерий (Биотехнология (2019) 35(2): 3-15; Appl Biochem Microb (2019) 55: 850–860; Appl Microb Biotechn (2022) (in press));
   — разработка нового метода множественной интеграции генов в геном бацилл за счет рандомизированного эктопического обмена (совместно с Ю. Йомантасом) (Microb Cell Fact (2011) 10:64);
7. конструирование искусственных эффективных «строгих» и/или «авто»-регулируемых элементов для обеспечения транскрипции в E. coli (Биотехнол (2001) №5: 3-20; 2001(2004) №5: 3-21;(2006) №3: 6-16);
   — коллекции рандомизованных промоторов E. coli различной силы (Мол биол (2005) 39(5):823-831);
   — конструирование искусственных оперонов – overlappons с трасляционно-сопряженными цистронами (Мол биол (2009) 43: 547-556);
   — разработка нового подхода к подавлению экспрессии целевых генов за счет организации их конвергентной транскрипции, устойчивой к Rho-зависимой терминации (J Mol Microb Biotech (2010) 18: 1-13; ASC Synth Biol (2020) 9:1650-1664);
   — использование метаболической регуляции экспрессии ключевых биосинтетических генов в экспериментах по метаболической инженерии при создании продуцентов с регулируемым культивированием (Appl Microbiol Biotechnol (2010) 88: 1287-1295);
8. впервые для создания продуцентов аминокислот совместно с проф. Р.С. Шакуловым и В.Г. Дорошенко использован биосинтетический фермент с повышенной чувствительностью к специфическому протеолизу, обусловленному искусственно введенному SsrA-зависимому С-концевому сайта белка (Biotech Lett (2010) 32: 1117-1121);
9. совместно с проф. В.З. Ахвердяном адаптация ранее разработанного для E coli метода Mu-зависимой интеграции/амплификации генов в случайные области бактериальной хромосомы с последующим определением точек интеграции (Биотехнол (2004) № 6: 3-18), на другие практически значимые микроорганизмы, такие как метилотрофы – совместно и Ю. Йомантасом (Биотехнол (2008) № 3: 13-26; Appl Microb Biotechn (2008) 81: 191-200; (2011) 91(4): 857-871; Appl Environ Microb (2010) 76: 75-83) и коринобактерии (совместно с Н.В. Горшковой) (Appl Microb Biotechnol (2018) 102:2867–2884) с возможностью модификации стратегии до интеграции/амплификации/фиксация генов;
10. исследование специфических особенностей бактериальных штаммов, возникающих на этапах конструирования штаммов-продуцентов аминокислот (например, продуцента гистидина, совместно с Н.В. Стойновой — Microbiol Cell (Fact 2018) 17:42);
11. совместно с профессиональным математиком М.С. Щуплецов) разработка эффективной компьютерной программы с открытым доступом для анализа метаболических потоков как в отдельных, так и в множественных экспериментах с различными субстратами в 13C-MFA и определения параметров и статистики потоков метаболитов, в том числе и оптимизированным методом Монте-Карло (Microb Cell Fact (2014) 13: 152 (1-25)).

Профессиональная активность

2007 – н./вр.	член редакционной коллегии журнала «Биотехнология»;
1989 – 1999	заместитель председателя специальной комиссии (председатель одной из подкомиссий) АН СССР, а затем РАН по «Генной и клеточной инженерии»;
1993 – 1995	главный ученый секретарь Международного научного фонда (International Science Foundation), Московский офис;
1986 – 2021	член специализированного ученого совета по защите докторских диссертаций при ГНЦ РФ ГосНИИгенетика.

Научно-педагогическая деятельность

2004 – н./вр.	профессор кафедры биоинженерии Биологического факультета МГУ им. М.В. Ломоносова;
2021 – н./вр.	профессор кафедры синтетической биологии Биологического факультета МГУ им. М.В. Ломоносова;
2021	профессор-лектор Биотехнологического факультета МГУ им. М.В. Ломоносова;
2005, 2021	профессор-лектор Московского физико-технического института (МФТИ);
1987 – 2011	профессор кафедры дозиметрии и защиты факультета экспериментальной и теоретической физики Московского инженерно-физического института (МИФИ), Москва, Россия;
1990 – 1991	профессор-лектор факультета биохимии Таджикского Государственного Университета, Душанбе, СССР;
1981 – н./вр.	под руководством и при научной консультации проф. С.В. Машко подготовлены и успешно защищены 1 – докторская и 17 кандидатских диссертаций.

 

Публикации: Машко С.В. является автором/соавтором 105 научных статей в международных и отечественных научных журналах, включая главы в монографиях и учебно-методический комплекс, и более 35 Российских и международных патентов.

 

 

Публикации в журналах за последние 5 лет

1. Lobanova JS, Gak ER, Andreeva IG, Rybak KV, Krylov AA, Mashko SV (2017) // “Complete nucleotide sequence and annotation of the temperate corynephage f16 genome”. Arch Virol doi: 10.1007/s00705-017-3383-4. Q1; IF 2.230
2. Golubeva LI, Shupletsov MS, Mashko SV (2017) // “Metabolic flux analysis using ¹³C isotopes. 1. Experimental basis of the method and the present state of investigations”. Appl Biochem Microbiol 53(7) 733-757. doi: 10.1134/S0003683817070031. Q3; IF 0.760
3. Golubeva LI, Shupletsov MS, Mashko SV (2017) // “Metabolic flux analysis using ¹³C isotopes. 3. Significance for systems biology and metabolic engineering”. Appl Biochem Microbiol 53(9) 827-841. doi: 10.1134/S0003683817090058. Q3; IF 0.760
4. Gorshkova NV, Lobanova JS, Tokmakova IL, Smirnov SV, Akhverdyan VZ, Krylov AA, Mashko SV (2018) // “Mu-driven transposition of recombinant mini-Mu unit DNA in the Corynebacterium glutamicum chromosome”. Appl Microbiol Biotechnol 102:2867–2884. doi: 10.1007/s00253-018-8767-1. Q1; IF 3.820
5. Malykh EA, Butov IA, Ravcheeva AB, Krylov AA, Mashko SV, Stoynova NV (2018) // Specific features of l‑histidine production by Escherichia coli concerned with feedback control of AICAR formation and inorganic phosphate/metal transport. Microbiol Cell Fact 17:42. doi: 10.1186/s12934-018-0890-2. Q1; IF 4.400
6. Yomantas YAV,·Abalakina EG, Lobanova JS, Mamontov VA, Stoynova NV, Mashko SV (2018) // Complete nucleotide sequences and annotations of φ673 and φ674, two newly characterised lytic phages of Corynebacterium glutamicum ATCC 13032. Archives of Virology , doi: 10.1007/s00705-018-3867-x. Q1; IF 2.230
7. Каташкина ЖИ, Казиева ЕД, Таджима Е, Машко СВ (2019) // Сбалансированная амплификация генов мевалонатного пути повысила продукцию изопрена рекомбинантным штаммом Pantoea ananatis. Биотехнология 35(2): 3-15
8. Katashkina JI, Kazieva ED, Tajima Y, Mashko SV (2019) // Increased isoprene production by the recombinant Pantoea ananatis strain due to the balanced amplification of mevalonate pathway genes. Appl Biochem Microbiol, 55: 850–860. Q3; IF 1.022
9. Krylov AA, Shapovalova VV, Miticheva EA, Shupletsov MS, Mashko SV (2020) // Universal actuator for efficient silencing of Escherichia coli genes based on convergent transcription resistant to Rho-dependent termination. ASC Synth Biol, 9:1650-1664. doi: 10.1021/acssynbio.9b00463. Online ahead of print. PMID: 32442368. Q1; IF 5.580

Хренова Мария Григорьевна

Профессор кафедры физической химии химического факультета МГУ

Доктор биологических наук, профессор, профессор кафедры синтетической биологии, советник по науке АО «Научно-исследовательский институт Аджиномото-Генетика».

+7 (495) 939-20-35
khrenova.maria@gmail.com

​https://istina.msu.ru/profile/wasabiko/

Образование

• 2008 – специалист (специальность химия, диплом с отличием), химический факультет МГУ
• 2011 – кандидат физико-математических наук (специальность 02.00.17 – математическая и квантовая химия), химический факультет МГУ
• 2016 – доктор физико-математических наук (специальность 02.00.17 – математическая и квантовая химия), химический факультет МГУ

Опыт работы

• 2009 – 2012: младший научный сотрудник, лаборатория химической кибернетики, кафедра физической химии химического факультета МГУ.
• 2012 – 2014: научный сотрудник, лаборатория химической кибернетики, кафедра физической химии химического факультета МГУ.
• 2014: старший научный сотрудник, лаборатория химической кибернетики, кафедра физической химии химического факультета МГУ.
• 2014 – 2020: ведущий научный сотрудник, лаборатория химической кибернетики, кафедра физической химии химического факультета МГУ.
• 2020 – наст. вр.: профессор, кафедра физической химии химического факультета МГУ
• 2012 – наст. вр.: заместитель заведующего лабораторией химической кибернетики (с 2020 квантовой химии и молекулярного моделирования), кафедра физической химии химического факультета МГУ.
• 2020 – наст. вр.: заместитель заведующего кафедрой по научной работе физической химии химического факультета МГУ.
• 2017 – наст. вр.: руководитель группы молекулярного моделирования, институт биохимии имени А.Н. Баха, ФИЦ «Фундаментальные основы биотехнологии» РАН

Область интересов

• Вычислительная химия;
• Квантовая химия;
• Молекулярное моделирование;
• Машинное обучение и искусственный интеллект;
• Физическая химия;
• Биохимия.

Опыт преподавания

• Разработка, чтение лекций и проведение семинаров по курсам «Квантовая химия» и «Строение и спектры биомолекулярных систем» для студентов специализированных групп биофизиков и биоинженеров биологического факультета МГУ (с 2019 г.).
• Разработка, чтение лекций и проведение семинаров по курсу «Математические методы химии» для студентов специализированной группы химического факультета МГУ (с 2016 г.).
• Семинарские занятия по физической химии на факультете биоинженерии и биоинформатики МГУ (2011 – 2016 гг.).
• Руководство 6 дипломными работами
• Руководство курсовыми работами.
• Руководство 5 аспирантами.
• Под руководством защищена одна диссертация на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук по специальности «кинетика и катализ» (Кулакова А.М. (2019 г.))

Опыт руководства научными проектами

• Проект РФФИ 21-33-70001 «Методы молекулярного моделирования и искусственного интеллекта для разработки новых бактериальных фосфотриэстераз для ликвидации загрязнений от огнезащитных средств» (2021 – 2023 гг.).
• Проект РНФ 18-74-10056 «Механизмы резистентности к β-лактамным антибиотикам и рациональный дизайн новых антибактериальных препаратов по данным суперкомпьютерного молекулярного моделирования с детализацией атомных и молекулярных взаимодействий в активных центрах ферментов» (2018 – 2023 гг.).
• Проект РФФИ 18-03-00605-а «Моделирование комплексообразования катионов металлов с органическими лигандами методом молекулярной динамики с квантовыми потенциалами» (2018 – 2020 гг.).
• Проект РФФИ 18-29-13006 мк «Интермедиаты химических реакций в активных центрах белков: базы данных экспериментальных исследований и суперкомпьютерного молекулярного моделирования» (2018 – 2021 гг.).
• Проект РФФИ 15-33-20579 мол_а_вед «Квантово-химическое моделирование таутомерных превращений аминокислотных остатков с карбоксамидной функциональной группой — аспарагина и глютамина» (2015 – 2016 гг.)
• Проект РФФИ 12-03-00149 «Моделирование механизмов фотореакций во флавин- содержащих белках – рецепторах синего света» (2012 – 2014 гг.)

Награды

• Премия имени И.И. Шувалова (2017);
• Премия Правительства Москвы для молодых ученых (2017);
• Победитель конкурса проектов пользователей Суперкомпьютерного центра МГУ (2016);
• Национальная стипендия L’OREAL-UNESCO «Для женщин в науке» (2014);
• Стипендия Московского государственного университета имени М.В.Ломоносова молодым преподавателям и научным сотрудникам (2013,2014, 2017);
• Стипендия Президента Российской Федерации молодым ученым и аспирантам, осуществляющим перспективные научные исследования и разработки по приоритетным направлениям модернизации российской экономики(2012 – 2014, 2015 – 2017);
• Победитель конкурса молодых биологов (молекулярная и клеточная биология) Фонда Дмитрия Зимина «Династия» (2012);
• Победитель конкурса на стипендию Intel (2010);
• Стипендия Президента Российской Федерации (2010);
• Премия для поддержки талантливой молодёжи (2010);
• Премия имени академика И.П. Алимарина (2006).

Знание языков

Русский (родной), английский (свободно), японский (средний уровень).

Опыт работы в других странах

Стажировка в Университете Киото (Япония, 2007)

 

Повышение квалификации

• Онлайн курс «Writing in Science» Stanford University (2013)
• Онлайн курс повышения квалификации «Основы современной медицинской химии» (2019)

Наукометрические показатели

• H-индекс: 17
• Число цитирований: 884
• Число публикаций: 113
• ResearcherID: I-4829-2014
• Scopus Author ID: 14054087600
• ORCID: 0000-0001-7117-3089

Шайтан Алексей Константинович

Доцент кафедры биоинженерии биол. факультета МГУ

Доктор физико-математических наук.

+7 (495) 939-57-38
alex@intbio.org

​https://istina.msu.ru/profile/ashaytan/

Научные интересы

Интеграция физических, инженерных и компьютерных наук для решения биологических задач. Интегративная биология. Синтетическая биология. Вычислительная биология. Исследование структуры и функций хроматина. Изучение нуклеосом и их комплексов. 

Опыт работы

2017-н.в.	Руководитель научной группы		Группа интегративной биологии МГУ имени М.В. Ломоносова, Биологический факультет, кафедра биоинженерии
2013-2017	Visiting fellow		Национальный центр биотехнологической информации, Национальные институты здоровья, США
2012-н.в.	Ведущий научный сотрудник		МГУ имени М.В. Ломоносова, Биологический факультет, кафедра биоинженерии
2010-2012	Научный сотрудник		МГУ имени М.В. Ломоносова, Биологический факультет, кафедра биоинженерии
2010	Ученый секретарь		Технологическая платформа «Стратегические информационные технологии»
2008-2010	Ведущий инженер		МГУ имени М.В. Ломоносова, Биологический факультет, кафедра биоинженерии
2009-2011	Научный сотрудник	Университет Ульма, Германия, Институт Полимерных Наук
2006-2008	Учитель		ГОУ СОШ 1326/Лицей 1586, предметы: компьютерное моделирование (10-11 классы), компьютерные методы в биологии и физике (7-9 классы)

Образование

2021	Д.ф.-м.н.	Доктор физико-математических наук по специальности вычислительная биологии и биоинформатика
2014-2016	Сертификат трансфера технологий	Advanced Studies in Technology Transfer, Национальные Институты Здоровья, США (15 кредитов, средний балл 4.0, макс 4.0)
2011	Dr. Rer. Nat. (PHD)	University of Ulm, thesis title “Computer simulations of self-assembling nanofibers from thiophene-peptide oligomers”, supervisor Prof. A.R. Khokhlov, magna cum laude
2010	К.ф.-м.н.	МГУ имени М.В. Ломоносова, физический факультет, название диссертации «Компьютерное моделирование и статистический анализ самоорганизующихся молекулярных систем на основе пептидов», научный руководитель А.Р. Хохлов
2007-2010	аспирантура	МГУ имени М.В. Ломоносова, физический факультет, кафедра физики полимеров и кристаллов
2007-2008		“Innovation Studio” программа по технологическому предпринимательству на экономическом факультете МГУ
2001-2007	Высшее образование	МГУ имени М.В. Ломоносова, физический факультет, кафедра физики полимеров и кристаллов, (средний балл 5.0), дипломная работа «Исследование гидратации и адсорбции боковых цепей аминокислот методами компьютерного моделирования»
2002-2005		Российско-германский институт науки и культуры при МГУ
1991-2001	Среднее образование	Школа №1260 с углубленным изучением английского языка. Золотая медаль по окончании школы.

Награды и достижения

2018		Премия правительства Москвы молодым ученым
2017		Highlighted by the Journal of Molecular Biology Career Advancement Initiative for highly cited paper (Shaytan et al. 428, p 221-237 (2016))
2012-2017		Стипендиат программы сотрудничества Россия-США в области боимедицинских наук
2013		Финалист 37-го конкурса научных работ молодых ученых МГУ имени М.В.Ломоносова
2012		Финалист конкурса работ талантливых студентов, аспирантов и молодых ученых МГУ имени М.В.Ломоносова, учрежденного О.В. Дерипаска
2008		BioCamp 2008, Novartis International Biotechnology Leadership Camp, Hong Kong: leader of the best Best Performing Team, 2nd Runner Up Best Performing Student
2008		Лауреат программы УМНИК фонда Бортника
2008		Участник второго тура Конкурса Русских Инноваций
2005		Стипендиат фонда Потанина

Руководитель грантов

2020-2021	РФФИ Наставничество 19-34-51053 Универсальный биосенсор целевых последовательностей нуклеиновых кислот на основе dCas9 белков
2020-2021	РФФИ Стабильность 20-34-70039 Интегративное моделирование укладки нуклеосом в хроматине на основе данных Micro-C
2018-2021	Грант РНФ № 18-74-10006 «Структурная динамика нуклеосом и их взаимодействий: поиск подходов для диагностики и лечения онкологических заболеваний»
2014-2015	“Understanding dynamics and structure of nucleosomes with different histone variants”, XSEDE, со-руководитель – 1.5 млн процессорочасов компьютерного времени
2012-2013	РФФИ мол_а №12-04-31942 “Суперкомпьютерное моделирование структуры и динамики нуклеосом”, 700 т.р.
2012	Совместный грант МГУ и Национального Центра Научных Исследований (Франция) “Modulation of the function of voltage-gated potassium channels: Molecular Dynamics simulations”  (руководитель с французского стороны Dr. Mounir Tarek, Nancy University)

Руководство студентами и аспирантами

• 2021 — МГУ, К.С. Князева
• 2019 — МГУ, А.К. Грибкова
• 2019 — МГУ, Л. Сингх
• 2014 — 2018 , МГУ, кандидатская диссертация, Г.А. Армеев, «Интегративное моделирование хроматина»
• 2020 — бакалаврская работа, А.М. Неугодов
• 2019 — бакалаврская работа, А.С. Князева
• 2019 — бакалаврская работа, Ю. Поспелова
• 2019 — магистерская работа, А.К. Грибкова
• 2017 — бакалаврская работа, А.К. Грибкова
• 2016 — Д.А. Ефимова, диплом бакалавра, «Анализ и предсказание профилей гидроксильного расщепления ДНК для изучения нуклеосом и их комплексов»
• 2014 — Г.А. Армеев, диплом специалиста, «Изучение принципов формирования нуклеосом методами молекулярного моделирования»
• 2014 — Т.К. Горковец, диплом специалиста, «Взаимодействие потенциал-зависимых калиевых каналов с модулирующими пептидами»
• 2011 — МГУ, дипломная работа, М.А. Касимова “Изучение молекулярных механизмов ионной проводимости бактериального калиевого канала KcsA методами молекулярного моделирования”
• 2010 — МГУ, дипломная работа, М.Е. Боздаганян “ Исследование взаимодействия фуллерена (С60) и его производного трималонатфуллерена (С3) с биологическими мембранами методом молекулярной динамики ”
• 2010 — МГУ, дипломная работа, Ф.С. Орехов “Расчет спектральных свойств бактериородопсина гибридными методами квантовой химии и молекулярной механики” 

Знание языков

Русский (родной), английский (свободно), немецкий (сертификат DSH-3)

Публикационная активность

База данных	ID/URL
Google Scholar	Alexey K. Shaytan
Web of Science Core	D-7306-2012
Scopus	26635808600
PubMed	Shaytan A
eLibrary SPIN	6275-5481

Избранные публикации

1. Armeev, G. A.; Kniazeva, A. S.; Komarova, G. A.; Kirpichnikov, M. P.; Shaytan, A. K. Histone Dynamics Mediate DNA Unwrapping and Sliding in Nucleosomes. Nat Commun. 2021, 12. https://doi.org/10.1038/s41467-021-22636-9. IF WoS 14.9
2. Histone Octamer Structure Is Altered Early in ISW2 ATP-Dependent Nucleosome Remodeling / A. Hada, S. K. Hota, J. Luo, Y.-c. Lin, S. Kale, K. Shaytan, S. K. Bhardwaj, [et al.] // Cell Reports. –– 2019. –– July 2. –– Vol. 28, no. 1. –– 282––294.e6. –– DOI: 10.1016/j.celrep.2019. 05.106. –– IF WoS 7.7
3. Linking Chromatin Composition and Structural Dynamics at the Nu- cleosome Level / G. A. Armeev, A. K. Gribkova, I. Pospelova, G. A. Komarova, K. Shaytan // Current Opinion in Structural Biol- ogy. –– 2019. –– June. –– Vol. 56. –– P. 46––55. –– DOI: 10.1016/j.sbi. 2018.11.006. –– IF WoS 6.908 —
4. Shaytan AK*, Xiao H, Armeev GA, Gaykalova DA, Komarova GA, Wu C, Studitsky VM, Landsman D, Panchenko AR. Structural interpretation of DNA-protein hydroxyl-radical footprinting experiments with high resolution using HYDROID. Nature Protocols (2018); doi: 10.1038/s41596-018-0048-z *- corresponding author. ИФ 27
5. AK Shaytan*, H Xiao*, GA Armeev, C Wu, D Landsman, AR Panchenko. Hydroxyl-radical footprinting combined with molecular modeling identifies unique features of DNA conformation and nucleosome positioning. Nucleic Acids Res., 45 (2017) 9229–9243. DOI:1093/nar/gkx616; *-equal contribution, ИФ 10.2
6. Xiao H, Wang F*, Wisniewski J*, Shaytan AK*, Ghirlando R, FitzGerald PC, et al. Molecular basis of CENP-C association with the CENP-A nucleosome at yeast centromeres. Genes Dev.(2017); doi:1101/gad.304782.117; *-equal contribution, ИФ 10.8
7. K. Shaytan, G.A. Armeev, A. Goncearenco, V.B. Zhurkin, D. Landsman, A.R. Panchenko, Coupling between Histone Conformations and DNA Geometry in Nucleosomes on a Microsecond Timescale: Atomistic Insights into Nucleosome Functions, Journal of Molecular Biology, 428 (2016) 221-237. DOI: 10.1016/j.jmb.2015.12.004 , ИФ 4.52
8. K. Shaytan, D. Landsman, A.R. Panchenko, Nucleosome adaptability conferred by sequence and structural variations in histone H2A-H2B dimers, Current Opinion in Structural Biology, 32 (2015) 48-57, ИФ 8.07
9. E. Valieva, G.A. Armeev, K.S. Kudryashova, N.S. Gerasimova, A.K. Shaytan, O.I. Kulaeva, L.L. McCullough, T. Formosa, P.G. Georgiev, M.P. Kirpichnikov, V.M. Studitsky, and A.V. Feofanov, Large-scale ATP-independent nucleosome unfolding by a histone chaperone, Nature structural & molecular biology, (2016). DOI: 10.1038/nsmb.3321, ИФ 13.3
10. J. Draizen*, A.K. Shaytan*, L. Marino-Ramirez, P.B. Talbert, D. Landsman, A.R. Panchenko, HistoneDB 2.0: a histone database with variants-an integrated resource to explore histones and their variants, Database-the Journal of Biological Databases and Curation, (2016), DOI: 10.1093/database/baw014 *- equal authorship , ИФ 2.63
11. El Kennani, A. Adrait, A.K. Shaytan, S. Khochbin, C. Bruley, A.R. Panchenko, D. Landsman, D. Pflieger and J. Govin. (2017) MS_HistoneDB, a manually curated resource for proteomic analysis of human and mouse histones. Epigenetics & Chromatin, DOI: 10. 10.1186/s13072-016-0109-x , ИФ 5.33
12. Г.А. Армеев, Т. К. Горковец, Д. А. Ефимова, К. В. Шайтан, А. К. Шайтан. Моделирование структуры днк-белковых комплексов с использованием экспериментальных данных по резонансному переносу энергии и перекисному окислению. Вестник Московского университета. Серия 16: Биология, (1):35–40, 2016.
13. -W. Chang, O.I. Kulaeva, A.K. Shaytan, M. Kibanov, K. Kuznedelov, K. V. Severinov, M. P. Kirpichnikov, D. J. Clark and V. M. Studitsky. “Analysis of the mechanism of nucleosome survival during transcription” // Nucleic Acids Research, 2013, 1-9. DOI: 10.1093/nar/gkt1120 , ИФ 10.2
14. A. Gaykalova, O.I. Kulaeva, O. Volokh, A.K. Shaytan, F.K. Hsieh, M.P. Kirpichnikov, O.S. Sokolova, V.M. Studitsky, Structural analysis of nucleosomal barrier to transcription, PNAS, 112 (2015) E5787-E5795., DOI: 10.1073/pnas.1508371112 , ИФ 9.4
15. Yolamanova, C. Meier, A. K. Shaytan, V. Vas, C. W. Bertoncini, F. Arnold, O. Zirafi, S. M. Usmani, J. Müller, D. Sauter, C. Goffinet, D. Palesch, P. Walther, N. R. Roan, H. Geiger, O. Lunov, T. Simmet, J. Bohne,H. Schrezenmeier, K. Schwarz, L. Ständker, W.-G. Forssmann, X. Salvatella,  P. G. Khalatur, A. R. Khokhlov, T. Knowles, T. Weil, F. Kirchhoff, J. Münch. “Peptide nanofibrils boost retroviral gene transfer and provide a rapid means for virus concentration” // Nature Nanotechnology, 2013, 8, 130–136 DOI: 10.1038/NNANO.2012.248 , ИФ 27.27
16. K. Shaytan, Schillinger E.-K., Khalatur P. G., Mena-Osteriz E., Hentschel J., Boerner H.G., Baeuerle P, Khokhlov A. R., Self-assembling Nanofibers from Thiophene-Peptide Diblock Oligomers: a Combined Experimental and Computer Simulations Study // ACSNano 2011, DOI: 10.1021/nn2011943 , ИФ 13.3
17. K. Shaytan, Shaitan K.V., Khokhlov A.R. “Solvent Accessible Surface Area of Amino Acid Residues in Globular Proteins: Correlation of Apparent Transfer Free Energies with Experimental Hydrophobicity Scales. // Biomacromolecules, 2009, 10 (5), pp 1224–1237, DOI: 10.1021/bm8015169 , ИФ 5.58